舌咽神经损伤后，若伴有副神经损伤，可引起患侧胸锁乳突肌或斜方肌出现瘫痪。若合并舌下神经损伤症状则会出现明显的半侧舌肌萎缩症状，或是有双侧舌咽神经损伤症状，如进食困难、吞咽困难或者发音困难等，病情程度跟损伤程度有关。

若已出现舌咽神经功能损伤症状，建议在急性期服用健脑营养神经的药物治疗。短期内也可服用激素类药物，可稳定损伤状态。

若长期存在神经功损伤症状者，还需结合康复功能锻炼，可辅助治疗，并有助于提高生活质量。