角膜基制炎及时治疗是能够有效控制病情的，但是后期可能会产生一系列的后遗症。需要注意的是角膜基质层的细胞是不可再生的，受到严重的炎症浸润后，会产生不可逆的病理结果。

因此角膜基质炎的患者应尽早接受治疗，及时有效地消除炎症，以防止病灶的进一步加深和扩大。

临床上大多数角膜基质炎的发生与角膜真菌或者细菌感染关系密切，可针对具体病因给予相应的抗真菌或者抗生素药物治疗。后期可能会出现角膜瘢痕、角膜浑浊等，则可以考虑角膜移植。