小儿脑肿瘤的病因主要有遗传因素、生物学因素、物理因素、化学因素、先天性因素等。现在很多食品，如快餐、饮料中都含有添加剂，小儿的肝肾功能很弱，毒素容易堆积体内造成小儿脑肿瘤。

母亲在怀孕期间或者婴儿刚出生的时候，如果被EB病毒或者乳头状瘤病毒感染都有可能导致体内的病变，发生小儿脑肿瘤。

如果新生儿过多的使用抗生素或者母亲在怀孕的时候乱吃药都会对婴儿造成伤害，导致小儿脑肿瘤。很多女性在怀孕的时候也会经常用电脑，看电视等，也会导致孩子患有小儿脑肿瘤。