头部核磁共振，主要是检查脑部的病变，明确病变是否由于脑结构发生改变所导致，对于头部很多疾病的诊断等非常有意义。

如检查颅内的缺血性病变，如脑梗塞和一些缺血缺氧性脑病、脑出血、颅内的良恶性肿瘤、颅内的感染性疾病、脱髓鞘疾病、脑血管畸形，还有一些先天发育异常等。

头部核磁共振检查可有平扫，还有其他功能成像，如神经内科常用的DWL检查，可显示急性脑梗的情况。头部磁共振检查还包括动脉血管成像的MRA检查，静脉血管成像的MRV检查。