三个月婴儿便秘可以通过按摩、药物治疗或者是手术治疗的方式缓解。

1.按摩。婴儿便秘可能是由于饮食引起的，可以通过对腹部进行穴位按摩，比如天枢穴或者是大横穴，有助于缓解便秘的症状。

2.饮食。如果婴儿吃母乳，母亲应该注意清淡饮食，多吃一些瓜果、蔬菜，还要注意多饮水，尽量避免食用油腻及辛辣上火的食物，有助于缓解便秘。

3.药物治疗。对于出现的功能性便秘，可以使用乳果糖进行改善，还可以适当补充一些益生菌，能够起到调理肠道菌群作用，也有助于改善三个月婴儿便秘。

4.手术治疗。如果是由于先天性肛门直肠畸形，或者是巨结肠等器质性病变引起的便秘，需要采取手术的方式进行矫正治疗。