导致早上起来空腹肚子疼的常见原因，有十二指肠溃疡、拉肚子和受伤等。

1.十二指肠溃疡。本病是指在胃酸、幽门螺旋杆菌等物质的作用下，使十二指肠黏膜发生感染性损伤，患者往往有空腹疼痛、进食缓解的临床表现，并且具有周期性、节律性和局限性等特点。

2.拉肚子。如果因为晚上睡觉的时候，没有盖好被子导致腹部受凉，或者因为前一天晚上吃了生冷、油腻的食物，均可造成第二天早上肚子疼、拉肚子。

3.受伤。如果早上起来不小心撞到肚子，导致肚子周围软组织挫伤，引起疼痛，即使空腹也会有肚子疼的感觉。