乙肝E抗体阳性有两种情况，不同的情况，处理的方式不一样。

一种是乙肝的急性感染，该类患者在急性感染乙肝病毒之后，会出现乙肝E抗体阳性。这类患者往往可以自行清除乙肝病毒，不需要抗乙肝病毒治疗。如果肝功能异常，则需要护肝治疗。

另一种情况是，乙肝的慢性感染，这类患者是乙肝E抗原转阴后出现乙肝E抗体阳性。如果乙肝表面抗原、乙肝E抗体以及乙肝核心抗体三者都阳性，就是所说的小三阳。这类患者除了本身需要护肝治疗以外，还需要抗病毒治疗。

只有在病因上做出处理才能够有效控制乙肝，保护好肝脏。所以，乙肝E抗体阳性不同的处理方式，还是要根据疾病的具体情况，做出分析诊断。