指甲真菌感染想要根治，可以用以下方法：

首先，局部应用抗真菌的药物，如冰醋酸外涂，每天1次，需要将近6个月以上。涂药时要在皮肤科先进行指甲削薄效果会更好，而且冰醋酸有一定刺激性，涂的时候尽量不要涂到指甲周皮肤上。

此外，一些口服药物效果也不错，像伊曲康唑间歇冲击疗法，对真菌有很好的治疗作用。

之所以会出现指甲真菌感染，还是和自身抵抗力以及外伤有关，建议尽量避免指甲的外伤。不吃辛辣、油腻食物，多喝水，多吃一些蔬菜和水果，对指甲真菌感染有很好的治疗和预防作用。