经确诊的真菌性鼻窦炎应考虑手术治疗，通常药物治疗并不能达到良好效果；而且术后也需要根据病理学的检查，制定进一步的治疗计划。

如果是非侵袭性的真菌性鼻窦炎，经手术可发现鼻窦内有真菌球组织，要清除病变，以建立比较宽敞的通气引流，同时需要保留正常的鼻窦粘膜以及骨壁。

如果合并过敏反应性质的真菌性鼻窦炎，比如反复有打喷嚏、鼻塞、流鼻涕，在术后还需要结合使用糖皮质激素类的药物改善症状。若是侵袭性真菌性鼻窦炎，则术后要使用抗真菌性药物，并需要重视定期复诊，了解用药治疗情况。