治疗胃窦血管扩张症还没有特别有效的药物，H2受体阻滞剂、质子泵抑制剂和胃黏膜保护剂已被证明是无效的。

皮质类固醇对某些患者有效，但由于长期使用副作用大，临床应用受到限制。目前内镜治疗是胃窦血管扩张的首选治疗方法，包括激光电凝、热探头、硬化剂注射、氩气凝固治疗等。腹腔镜胃窦切除术创伤小、恢复快，是胃窦切除术的外科首选方法。

轻度贫血可口服富马酸亚铁、硫酸亚铁等铁剂，严重的贫血可以进行输血治疗。