儿童尖锐湿疣的治疗与成人的尖锐湿疣治疗的方法一样，都是先去除掉疣体，然后选择防止复发的药物，同时提高免疫力。

在去除疣体方面，可以选择使用激光烧灼，也可以选择使用光动力去除，还可以在局部涂抹一些具有腐蚀性的药物，比如鬼臼毒素或者是米奎莫特。在去除掉疣体之后，在表面皮肤基本愈合的情况下，选择涂抹重组人干扰素凝胶或者是抗HPV蛋白敷料来防止复发，连续涂抹1-2个月，然后观察6个月。如果没有复发，就算是治愈。

建议提高免疫力方面，可以给孩子口服一些转移因子口服液，同时多吃一些含有高蛋白的食物，这样相对效果会好一些。