早上起床腰部两侧疼痛可能跟以下原因有关：

1.腰肌劳损。这是临床上最常见的引起腰部两侧疼痛的原因，该病的发生主要跟过度劳累、腰部姿势不当有关。

2.腰椎间盘突出。腰椎间盘突出会造成神经的压迫，引起腰部两侧的疼痛。

3.腰肌筋膜炎。腰肌筋膜炎的发生，主要跟长期的慢性劳损有关，可能会导致腰部肌肉的痉挛、腰背部的疼痛。

4.腰椎肥大。腰椎肥大可能会引起腰部的酸疼、强直症状。

5.强直性脊柱炎。强直性脊柱炎会引起下背部或臀部的疼痛、僵直，并且具有一定的家族遗传性。