阻塞性睡眠呼吸暂停综合征应与中枢性呼吸睡眠暂停综合征进行鉴别，其中中枢性睡眠呼吸暂停综合征患者多数有神经系统和运动系统的相关疾病，包括血管栓塞或变性疾病引起的脊髓病变、脊髓灰白质炎、脑炎、枕骨大孔发育畸形或者是膈肌病变、肌强直性营养不良、充血性心力衰竭等。

而阻塞性睡眠呼吸暂停综合征患者多有家庭聚集性和遗传因素，多数存在上呼吸道特别是鼻、咽部位狭窄的基础，如肥胖、鼻息肉、扁桃体肥大、腭垂过长过粗、舌体肥大、舌根后坠、颞颌关节功能障碍和小颌畸形等。