许多萎缩性胆囊炎是由胆结石引起。萎缩性胆囊炎伴胆结石不仅会引起胆囊炎复发，严重影响患者的生活质量。有时甚至会引起胆囊化脓、穿孔，甚至坏疽，导致腹腔严重感染，尤其对老年患者，可能危及生命。

由于胆囊明显萎缩，其浓缩、储存、排泄和分泌功能将受到明显影响，甚至完全丧失。

最为严重的是，慢性萎缩性胆囊炎目前被认为是一种癌前病变。如果长期存在，最终会导致胆囊癌。胆囊癌是一种恶性程度很高的消化系统肿瘤，即使可以切除，也很容易复发和转移。