肛瘘病变自身是不会影响怀孕的，当由于肛瘘存在，肠管与肛门皮肤形成异常通道，粪便等分泌物会进入瘘管，导致患者出现肛门局部皮肤排气、排便、局部红肿、疼痛、瘙痒等情况，如果日常不注意清洁，容易导致局部感染情况出现。

如果是女性患者，由于女性生理解剖特殊性，生殖系统与排泄系统接近，容易导致患者出现阴道炎等病变情况，可能导致患者出现流产等病变情况。

所以对于肛瘘患者还是建议及时就医检查，根据实际情况进行治疗，避免对患者其它生活造成影响。