怀孕期间有肛瘘一般是不会影响孩子。怀孕期间由于子宫的增大和胎儿的长大，压迫盆腔和直肠引起肠道蠕动过慢，容易引起便秘，反复的便秘会导致肛隐窝出现感染，最终形成肛瘘。

如果症状不严重的情况下，可以采取药物保守治疗。每天用温水坐浴，保持局部的清洁、干燥，平时要避免便秘或腹泻。如果肛瘘处于慢性期，流出脓液有可能引起肛门发痒、疼痛，只要没有出现发烧的情况，可以适当口服孕妇可用的消炎药物消肿、止痛，并用清热解毒的中药局部坐浴，改善症状。

怀孕期间不建议手术治疗，可在分娩后择期做手术。肛瘘是属于肛周疾病，一般是不会影响孩子发育。