甲减并不会引起甲状腺萎缩，或者并不是引起甲状腺萎缩的常见原因，但是甲状腺萎缩可以引起甲减。举例像慢性淋巴细胞性甲状腺炎的患者，在早期时可能以桥本甲状腺炎为主，甲状腺有弥漫性的肿大，伴有甲状腺功能减退。

但是随着疾病的发展，甲状腺可以出现萎缩，同时伴有甲减，所以萎缩性甲状腺炎又可以认为是桥本甲状腺炎的终末形式。

有些甲减反而会引起甲状腺的肿大，例如地方性的甲状腺肿，因为缺碘导致甲状腺会出现代偿性的增生和肿大，其主要的原因就是因为缺碘导致甲状腺激素合成不足所引起的。