虹膜囊肿的病因分为原发性或者是先天性的虹膜囊肿以及继发性的虹膜囊肿。

先天性的囊肿可发生于虹膜色素上皮或者基质层。

继发性虹膜囊肿包括炎症渗出性、外伤植入性、药物性、寄生虫性等等引起的虹膜囊肿，最常见的是外伤植入性虹膜囊肿，是由于结膜、角膜上皮组织在睫毛或手术器械通过眼球穿透伤被带入眼内，也可因外伤或手术创口对合不良或有组织嵌顿，致使上皮组织沿创口直接长入眼内，不断增生而形成虹膜囊肿。

药物性虹膜囊肿常见于青光眼患者，长期点缩瞳剂，如碘依可酯，寄生虫性虹膜囊肿常见于囊尾蚴病在眼部的表现。