虹膜囊肿分为原发性虹膜囊肿和继发性虹膜囊肿。原发性虹膜囊肿可发生于虹膜色素上皮层或基质层。继发性虹膜囊肿，可以因为内眼手术、眼外伤，长期滴用抗青光眼药物例如缩瞳剂以后，炎症渗出以及寄生虫感染都可以导致继发性的虹膜囊肿。原发性虹膜囊肿是由于胚胎发育异常导致，原始视泡融合不良或外胚叶组织移行入中胚叶组织。继发性虹膜囊肿最常见的原因是，外伤性角膜结膜上皮植入虹膜导致的，在相应部位的角膜或角巩膜缘处，可以找到穿孔或手术的疤痕。