咽口水的时候，鼻腔的根部如果有疼痛感，考虑是鼻腔的炎症感染以及恶性肿瘤等疾病有关。

如果鼻腔内出现炎症感染性疾病或者是肿瘤性疾病，就有可能导致整个鼻腔的黏膜出现充血、水肿的情况，还可能会有不良的增生物出现。此时，当患者出现吞咽口水动作时，口腔的吞咽动作会导致鼻腔的肌肉牵拉，就会触痛到充血、水肿的鼻腔根部的黏膜或者是不良的增生物质，导致疼痛感出现。

建议患者应该尽快到医院的耳鼻喉科进行鼻内镜检查，明确是否有上述异常。