龟头疼痛流脓可能为龟头炎所引起，表明龟头炎已经非常严重，应当及时就医检查治疗，只要治疗方法得当，龟头炎会得到根治。

如果为一般的细菌感染，可选用头孢菌素类或喹诺酮类的药物进行治疗，比如头孢地尼、左氧氟沙星；如果是淋球菌感染所引起，应使用头孢曲松钠进行治疗；如果非淋感染所导致，可应用阿奇霉素治疗。

如果龟头炎为霉菌性感染所引起，可应用抗真菌药物，比如伊曲康唑；在应用口服药物时，也可使用外涂药物，比如克霉唑乳膏。