龟头疼痛流脓可能为尿道炎所引起，可由多种致病菌所导致，应提取局部的分泌物进行涂片培养，确定致病菌的类型，然后再使用相应抗生素类药物进行治疗。

如果是支原体、衣原体等致病菌感染所导致，应使用阿奇霉素进行治疗。如果为普通细菌感染所引起，应使用左氧氟沙星、头孢地尼等药物治疗。对于淋球菌感染所导致的尿道炎，可经验性的使用头孢曲松钠。

在用药期间，应多注意生理卫生，注意龟头部位的清洁与干燥，每天用温水对龟头以包皮内部进行清洗并且禁止性生活，避免将致病菌传染给配偶。