怀疑沙眼需要将患者的眼部分泌物进行涂片检查，若检查出现的细菌为沙眼衣原体，则考虑是沙眼。

还需眼科裂隙灯显微镜检查，沙眼表现为眼睑结膜巨大乳头、滤泡增生，呈砂粒样外观，可伴有角膜血管翳、眼睑结膜瘢痕等体征。结合患者的病史，以及症状，不难鉴别本病。

沙眼应当与滤泡型结膜炎进行鉴别，滤泡型结膜炎不具有传染性，患者睑结膜可见滤泡，角膜透明，一般不伴有视力下降，与患者长期佩戴隐形眼镜以及不注意用眼卫生有关。