多数沙眼根据睑结膜乳头、滤泡、角膜上皮及上皮下角膜炎、角膜血管翳等特异性体征，可以做出诊断。但是，由于睑结膜的乳头增生和滤泡形成，并非沙眼所特有，因此早期沙眼的诊断在临床病变尚未完全具备时比较困难，有时只能诊断疑似沙眼。要确诊，必须辅以实验室检查。实验室检查，包括沙眼细胞学检查，其典型特点是可以检出淋巴细胞、浆细胞和多形核性白细胞。结膜刮片后染色检查，可见红色或蓝色细胞浆内的包涵体。荧光标记的单克隆抗体试剂盒，检测细胞刮片衣原体抗原，酶联免疫测定，聚合酶链反应等，都具有高度敏感性，和高特异性，但技术复杂费用昂贵。