耳朵根部神经痛的原因有以下几种：

1.毛囊炎。如果耳朵附近有毛囊感染出现毛囊炎，当毛囊炎比较严重时，可能会导致耳朵根部位神经疼痛，而且会伴随着红肿症状。

2.咽喉部位炎症。例如急性扁桃体炎、咽喉炎、会厌炎等，炎症可能会牵扯到耳朵引起耳朵根部疼痛。

3.耳部炎症。比较常见就是急性中耳炎，尤其是急性化脓性中耳炎耳部疼痛比较明显。

4.肿瘤压迫。例如耳道部位肿瘤，当肿瘤比较大的时候可能会对局部神经造成一定压迫，引起耳朵根部神经痛。