发烧好了以后头疼的原因大致如下：

由于退烧后体内的细菌或者病毒感染还没有完全消除，因发烧引起的头疼症状不会立即消失，需要一个过程，当感染病灶完全清除后，头疼不适会逐渐缓解。因此，当感冒退烧后，不要立即停止治疗，要根据化验结果以及临床症状明确是否继续用药或者调理。

另外，还有可能是因为发烧时头部的毛孔扩张，如果受到冷风刺激，就可能导致体温恢复正常后头疼症状持续存在。因此，要加强发烧患者的日常护理，避免头疼症状出现。