肛瘘手术可能会有后遗症，常见的后遗症有以下一些：

第一，肛门潮湿。临床上最常见肛瘘类型为经括约肌肛瘘，所以，在肛瘘手术时会损伤部分肛门括约肌。虽然不会对肛门功能造成很大的影响，但由于局部疤痕增生可能会导致肛门闭合不紧而表现为肛门溢液、肛门潮湿等症状。但大多症状并不明显，不需要特殊的治疗。

第二，肛门失禁。如果在手术中损伤了过多的肛门括约肌，就会影响肛门的括约功能，从而引发肛门失禁的症状。

第三，术后复发。如果在手术中遗漏了内口以及瘘管的处理，或者术后出现假性愈合，就有可能会导致肛瘘复发，需要再次手术。