高位复杂性的肛瘘只要经过正规的手术治疗，一般不会遗留明显的后遗症，若治疗不及时或者不规范可能会遗留后遗症。

复杂性的肛瘘可以有多个外溃口及皮下瘘管，高位肛瘘是指内溃口的位置高于齿状线，因此高位复杂性肛瘘属于最严重的一种肛瘘，如果不进行及时的治疗，长期慢性的炎症刺激，会导致肛门括约肌纤维化，影响肛门的收缩功能。另外肛瘘还有一定的几率发生恶变。

高位复杂性肛瘘手术时，要在正规的机构进行，术中应尽量避免损伤肛门周围软组织，特别是要注意保护肛门直肠环，防止肛门失禁。