婴儿早上起来咳嗽很可能与过敏因素有关，比如空气比较凉或者被褥中存在螨虫、灰尘等，尤其是叠被子时一旦使婴儿接触过敏原，便容易引起咳嗽。

另外，如果婴儿夜间保暖措施不到位引起受凉、感冒等，也有可能在早上出现咳嗽，同时有可能伴随流涕、鼻塞等现象，通过咳嗽能将呼吸道中的分泌物清除到体外，进而达到呼吸道通畅的目的。

如果婴儿患有过敏性鼻炎，会使鼻腔内形成大量分泌物，分泌物一旦流至咽喉处会引起刺激性咳嗽，同时还会伴随流眼泪、眼睛畏光、不断打喷嚏等症状，建议尽快带婴儿到医院就诊。