非淋球菌性尿道炎的病原体一般是病原微生物，以沙眼衣原体和支原体感染最为常见。

临床上主要与淋球菌性尿道炎、细菌性尿道炎等疾病相鉴别。

淋球菌性尿道炎的尿道分泌物一般呈脓性、粘稠，分泌物涂片、细菌培养可见革兰氏阴性双球菌；非淋菌性尿道炎分泌物稀薄，呈轻度脓性或者是浆液性，分泌物涂片或者细菌培养可见病原微生物；而细菌性尿道炎以膀胱刺激症状为主，尿道口无分泌物或者是少量稀薄分泌物，尿常规检查可见白细胞升高，尿细菌培养可见大肠杆菌等细菌。