角化囊肿不会自愈。

角化囊肿常采用手术摘除，但因牙源性角化囊肿是来源于牙胚或者牙板残余的囊肿。囊壁较薄，在摘除过程中容易破裂，难以完整摘除。生长方式为沿着骨小梁之间生长，因此难以完整摘除。主囊的囊壁上分布着许多的子囊，子囊较小难以全部清除等。

因此，牙源性角化囊肿术后复发率较普通囊肿高。在摘除角化囊肿后使用腐蚀剂涂抹骨创或冷冻去除子囊，将囊肿周围的部分骨质切除等，可有效降低角化囊肿的复发率。角化囊肿较大，可将周围颌骨一同切除进行植骨术等，减少复发率。