角化囊肿可有或没有上皮钉突，组织病理分两型：

1.典型不全角化上皮结构型，即6~7层上皮细胞。表层不全角化、基底细胞栅栏状排列，有或无上皮钉突，纤维结缔组织囊壁内有或无子囊、上皮岛结构。

2.正角化型，即上皮细胞层薄。表层正角化，纤维结缔组织内有或无子囊、上皮岛结构。

复发性与初发性囊肿组织病理学对比多为符合典型不全角化上皮型，初发性囊肿上皮有钉突的形成，基底细胞核分裂象，部分上皮细胞增生呈网格状的表现。