脑真菌肉芽肿不是癌症，是属深部感染的颅内占位性病变，但也引起颅内压增高及局限性病灶，多数是由于慢性炎症或各类感染的结果。除了真菌性感染以外，包括脑结核球、脑梅毒瘤，各种寄生虫性肉芽肿，如脑血吸虫病、脑肺吸虫病、以及浆液原虫等，以及结节病、黄色瘤病、嗜酸性肉芽肿等。

真菌感染比细菌感染少见得多，故在未有CT及MRI检查之前，临床上不易与颅内肿瘤鉴别，用抗生素、激素和免疫抑制剂。对于器官组织移植和免疫功能低下的患者，也应积极预防感染的发生。在患者及时应用有效的药物治疗，并且进行手术切除肉芽肿，预后较好。