脑真菌性肉芽肿手术费用高低和很多原因都有关系：

一、患者年龄：如果为在职的医保患者，它所自负的比例要多，60岁以上退休人员自负比例要少。

二、和医院的级别有关系：同样是三级医院、市级医院的门槛费，要比省级医院的门槛费低。

三、和患者的病情轻重有关系：如果患者病情较重，而且伴有较多的基础疾病，患者的用药检查就相对要多，所用的自负比例的药品也就多，花费的费用也相对增多，大约脑真菌性肉芽肿的手术费用应该在两万元以上。