早期使用抗生素治疗可以在很大程度上，避免脓肿的形成，但是仍有形成脓肿的可能。当脓肿形成后，可根据不同部位，予以相应的去除脓肿的治疗。

如果是皮肤表面的脓肿，可予以脓肿切开引流。对于乳腺、肛周等部位，脓肿宜做放射状切口。

如果是肝脏、肺部等脏器的脓肿，如果体积较小，一般先采取保守治疗，予以抗生素抗感染治疗。如果保守治疗无效，或者脓肿体积较大，需要予以切开引流手术。