包皮过长不会导致阴茎短小，阴茎短小是因为体内激素缺乏，导致阴茎发育受到影响而出现的。常见的可以导致阴茎短小的病因，主要有以下几种：

1.下丘脑分泌异常导致促性腺激素分泌不足而引起阴茎短小。

2.性腺功能减退，比如有睾丸的缺如或隐睾等疾病。

3.先天性睾丸发育不全，这是一种染色体畸形疾病，需要终身用药治疗。

此外，如果患者比较肥胖也可以导致腹壁脂肪层较多，而出现隐匿性阴茎，在外观上可以表现为阴茎比较短小，但实际上阴茎发育正常。