阴茎短小的男性不排除是先天导致的，但是也有可能是后天导致的。但整体上因为遗传因素而导致的阴茎短小是临床中比较常见的现象。而后天导致的阴茎短小，主要是因为自身发育问题或是长期营养不良造成的。另外，有一些男性还会有睾丸炎、睾丸发育不全等这样的疾病，也会造成阴茎短小的问题。

还有以下几点原因会导致阴茎短小的情况：

一、肥胖的因素，肥胖的男性脂肪丰满，这时候就会出现阴茎发育不良。

二、包皮过长，包皮过长也会阻碍阴茎发育，从而造成短小。