卵巢巧克力囊肿根治。只能是等到女性绝经之后，卵巢不分泌雌激素之后，彻底切除巧克力囊肿或者是等待卵巢巧克力囊肿逐渐的萎缩，逐渐的消失才能根治。

育龄期女性只要卵巢还存在周期性的分泌雌激素的功能，就不可能保守治疗成功的。手术切除巧克力囊肿也并不等于绝对根治，也有的人还是会有复发的可能。最终彻底的根治巧克力囊肿，那就是切除卵巢巧克力囊肿并且切除卵巢。

只要不再有雌激素分泌了，那以后也就不会有卵巢巧克力囊肿复发了，治疗后也需要复查。