肛门内部疼有很多的原因：

第一个原因是因为平时的饮食和作息时间导致了肛门内产生多余的一些因素，而这些因素是直接影响肛门肿胀已经疼痛的原因，如果不及时的去治疗，很有可能会影响到以后的排尿以及生育。

第二个原因是因为平时手不自觉地碰自己的肛门，导致肛门内部产生一些细菌，而这些细菌就在内部滋生起来，慢慢的就会成一种颗粒儿颗粒，就会导致肛门内部疼痛。

这两个原因都是是肛门内部疼痛的主要原因，所以如果有这样习惯的患者一定要注意，如果发现病情加重，一定要及时到医院进行诊断治疗。