肛门内部疼痛有以下一些原因：

首先，肛窦炎。急性肛窦炎会表现为肛门内比较剧烈的疼痛症状，排便时疼痛会加重，并且会伴有脓性或者脓血性分泌物；而慢性肛窦炎会表现为肛门内部隐痛，疼痛大多并不剧烈，会伴有肛门异物感、肛门瘙痒、肛门坠胀等不适症状。

其次，肛裂。肛裂的裂口位于肛管皮肤，裂口受排便等因素的刺激，会导致肛门内疼痛症状。

再次，肛周脓肿。属于化脓感染性疾病，位置偏高的肛周脓肿，会表现为肛门内部疼痛症状。

另外，内痔出现血栓形成或者糜烂，也会引发肛门内部疼痛。肛乳头肥大如果局部出现感染、水肿时，也会引发肛门内部疼痛。所以患者需要去医院就诊检查，明确原因后，再采取相应的治疗。