儿童三凹征的治疗根据病因不同是不同的。

如果是急性喉炎导致的，需要激素雾化吸入以及抗炎治疗；如果是喉部的囊肿、肿瘤，需要手术切除肿物；对于不容易切除的需要先气管切开，如果囊肿压迫窒息的需要进行囊肿穿刺抽液；如果是气道异物导致的，需要通过喉镜或者支气管镜取出异物。

对于原因不明的，如果出现了重度呼吸困难，需要先用药物治疗，像抗生素、激素等。没有缓解的情况下可以做喉镜、支气管镜检查以畅通气道。