经常肛交，容易导致肛周脓肿、直肠以及肛管部位的炎症。还可能伴随长期慢性炎症，有可能会出现窦道、瘘管等。

肛交性行为方式也是性疾病感染的常见方式之一，是艾滋疾病的常见危险性行为。由于肛交容易导致黏膜损伤，艾滋病毒容易通过损伤创面入侵而导致被感染，最好是停止肛交性行为，选择阴道性交。

一旦是肛交后导致伴随感染，需要及时就诊后给以抗生素药物进行消炎对症的治疗，防止肛周脓肿以及窦道、瘘管形成。在不确定对方性健康情况下如果进行了肛交，需要就诊后做艾滋抗体检查。