打喷嚏的时候腰疼，一般有以下两种原因：

1.腰椎间盘突出导致。严重的腰椎间盘突出，可以出现在打喷嚏以及大便时出现明显腰疼的症状。可以检查腰椎间盘的核磁共振、CT等给予诊断。确诊后要给予早期休息，以及口服药物治疗。

2.腰椎小关节紊乱导致。由于扭伤或者小关节退变导致小关节紊乱或者滑脱时，可以导致腰疼。同时，可以出现在打喷嚏以及腰部活动时，出现明显的腰疼症状。在进行X线片、CT检查时，可以没有明显的异常改变。但是在核磁共振上可以看到小关节退化，以及小关节炎症性表现。这时要注意休息，必要时给予中医的正骨、按摩等治疗，同时口服药物治疗。