附睾炎大多是继发于其它的下尿路感染，由大肠埃希菌、变形杆菌、葡萄球菌等细菌所致，也可以通过血行和淋巴途径的感染。

此外，沙眼衣原体的感染也在目前逐渐成为急性附睾炎的常见病因，附睾感染时大多从附睾尾部开始，附睾尾部的上皮水肿管腔内充满脓性的渗出物，炎症经蔓延到附睾体部及附睾头部。

如果炎症未能得到及时的控制，会导致脓肿形成，当炎症形成瘢痕组织导致附睾的管腔闭合时，可以造成不育，慢性的附睾炎可以出现附睾尾部的炎性结节，同时在输精管上可以出现不规则的硬结。