导致睾丸萎缩的病因不同，所服用的药物也不一样。

如果睾丸萎缩为雄激素分泌不足所导致，主要是口服补充雄激素的药物进行调理，比如十一酸睾酮胶囊，可补充体内的雄激素水平避免睾丸萎缩加重。如果睾丸萎缩为精索静脉曲张所引起，可在初期可口服迈之灵进行治疗，在严重时应考虑进行手术治疗。

如果睾丸炎疾病并且为细菌感染所引起，应使用抗生素类药物进行治疗，比如头孢地尼、左氧氟沙星胶囊等。如果睾丸炎为腮腺炎病毒感染所导致，应使用糖皮质激素类的药物治疗。