阴茎、睾丸萎缩可以通过药物治疗，必要时手术治疗。阴茎、睾丸萎缩，有可能是睾丸感染、睾丸功能障碍、性激素分泌水平下降等原因引起。需要完善相关的检查，确诊引起萎缩的病因。

如果是因为感染引起的睾丸萎缩，可以口服左氧氟沙星、头孢克肟等抗生素抗感染治疗。体内缺乏雄激素，可以应用性激素类的药物。例如甲基睾丸素、丙酸睾丸素等，促进睾丸萎缩逐渐恢复正常。

睾丸扭转引起的萎缩，则需要尽早进行复位术。严重缺血，需要将睾丸切除治疗。