39℃烧一晚上对身体的各个系统都会造成一定影响，特别是对大脑的危害较大。

如果是成年人，会使脑部的耗氧量有所增加，可能会引起脑水肿，并且进一步引起癫痫或抽搐。如果是婴幼儿，很有可能会引起惊厥。如果没有及时治疗，很有可能会导致惊厥反复发作，即使到了成年时期也会存在惊厥后遗症。

因此，无论是成人或婴幼儿，发烧到39℃时一定要尽快查明病因，并且及时采取退热治疗，以免持续处于高烧状态，导致其他并发症出现损害机体健康。