肾静脉血栓形成的病因主要包括三种因素，分别为静脉壁的损伤、血流缓慢以及血液高凝状态。首先静脉血栓形成的原因主要是内皮损伤，包括静脉造影引起的创伤、肾移植、肿瘤浸润、急性排斥反应以及血管炎对内皮的自发性微创伤。而血流淤滞原因大多数为容量丢失，如胃肠道液体的丢失、出血、脱水或肾移植后肾静脉的变形、扭曲。此外，原发性的后腹膜病变也可导致肾静脉的压迫，造成肾静脉的血栓形成。

而高凝状态主要见于肾病综合征的患者，主要见于膜性肾病、膜增生性肾炎、局灶节段性肾小球硬化以及微小病变。而全身和局部的败血症也可导致高凝状态，引起肾静脉血栓的形成。此外，产褥期、播散性恶性肿瘤、口服避孕药以及内在的高凝血状态均会导致高凝血的存在，形成肾静脉的血栓。