乙酰谷酰胺在临床上治疗的疾病相对比较严重，比如脑外伤性的昏迷或者肝昏迷，还有一些神经外科手术所引起的昏迷以及高位截瘫等。这种药物在常规剂量下使用的副作用及不良反应很少，也不属于有肾毒性药物，所以一般不会损害肾脏。

乙酰谷酰胺临床应用中，极个别患者可出现消化道反应，如恶心、呕吐等。或者对其成分过敏，也可出现药热、寒战、皮肤痒等，需要从这些方面有所注意。

通过静脉给药时也可造成血压的下降，所以还要注意监测血压。