鼻源性头痛在治疗时应当主要针对引发头痛的鼻源性病因，选用药物或者手术治疗。

药物的治疗属于保守疗法，主要是通过使用盐酸羟甲唑啉、布地奈德等，减充血剂类型的药物或者是糖皮质激素类型的药物，进行鼻部的局部用药。来减轻鼻腔内黏膜的充血、水肿，减少鼻腔内的分泌物，恢复鼻腔的通气来改善鼻源性的头痛。病情急性发作时，还可以考虑选用头孢等抗生素类药物进行口服或静脉输注。

但如果药物治疗效果不明显，可以选用手术治疗来将鼻腔内的病变组织进行切除。